Pada tahun 1928, Tsinghua mengubah namanya menjadi Universitas Tsing Hua Nasionaal (NTHU). Selama [[Parang Dunia II|Perang Dunia II]] tahun 1937, Universitas Tsinghua beserta Universitas Peking dan Universitas Nankai, bergabung membentuk Universitas Sementara Changsha di Changsha, dan kemudian Universitas Gabungan Nasional Barat Daya di Kunming, [[Yunnan|Provinsi Yunnan]]. Setelah perang, Tsinghua pindah kembali ke Beijing dan melanjutkan operasinya.
Setelah revolusi komunis di akhir Perang Saudara TiongkokCino pada tahun 1949, yang memicu terbentuknya [[Republik Rakyaik Cino|Republik Rakyat TiongkokCino]] (RRT), Presiden Universitas Tsinghua saat itu, Mei Yi-Qi, diikuti oleh banyak guru besar, melarikan diri ke Taiwan di mana mereka mendirikan Institut Teknologi Nuklir Tsing Hua Nasional pada tahun 1955, yang kemudian menjadi Universitas Tsing Hua Nasional Taiwan.
Pada tahun 1952, pemerintah TiongkokCino mengelompokkan kembali institusi pendidikan tinggi di negara itu dalam upaya untuk membangun sebuah sistem bergaya Soviet, dengan institusi individu cenderung untuk mengkhususkan diri dalam bidang studi tertentu. Ketika Revolusi Kebudayaan dimulai pada tahun 1966, banyak mahasiswa berjalan meninggalkan ruang kelas, dan beberapa kemudian menjadi bagian dari Pengawal Merah, mengakibatkan penutupan penuh universitas. Barulah sampai tahun 1978, setelah Revolusi Kebudayaan berakhir, universitas mulai menerima mahasiswa lagi.<ref>{{Cite book|last=方惠坚，张思敬|title=清华大学志（下册）（M）|location=北京|publisher=清华大学出版社|year=2001|pages=781–785|isbn=7-302-04319-1|url=|language=zh|quote=}}</ref> Meski demikian, Universitas Tsinghua tetap berada di deretan atas sekolah di TiongkokCino.
